En el colegio San Jose Jesuitak se prioriza el objetivo de impulsar el desarrollo integral y libre del alumnado.
En este sentido, en la ESO y bachillerato el foco se centra en las relaciones saludables, basadas en la confianza, el respeto, la ayuda y el apoyo mutuo.
En el colegio San José Jesuitak la coeducación tiene una gran importancia. Así, además de tener una estrategia para toda la escuela, en cada ciclo se utilizan herramientas o técnicas específicas para trabajar la coeducación.